Saat pendirian awal, SMK Muhammadiyah 3 Cileungsi memiliki dua program keahlian yaitu Akuntansi dan Tata Niaga (Pemasaran). Kini, SMK Muhammadiyah 3 Cileungsi tampil lebih meyakinkan dan percaya diri karena fasilitas sekolah yang semakin memadai, juga kepercayaan masyarakat yang semakin tinggi terhadap SMK Muhammadiyah 3 Cileungsi. Padatahun 2008, Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Jawa Barat memberikan kepercayaan pada SMK Muhammadiyah 3 Cileungsi dengan sekolah terakreditasi A.

Pada tahun 2017, SMK Muhammadiyah 3 Cileungsi membuka program keahlian baru yaitu Perbankan Syari’ah, menjadikan SMK Muhammadiyah 3 Cileungsi satu-satunya sekolah di Bogor Timur yang membuka program keahlian tersebut. Pada Juni 2019, SMK Muhammadiyah 3 Cileungsi masih dipercaya oleh Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Jawa Barat untuk mempertahankan status sekolah yang terakreditasi A.